In 668, op verzoek van Sigebert, koning van Austrasië, bouwt Sint Remaclus, bisschop van Maastricht, een klooster in het graafschap Chiny, nabij het dorp Cugnon. In 1173 schenken de graaf van Chiny en de heer van Sainte-Cécile het domein van Conques aan de Cisterciënzers van Orval. Kort daarna richt abt Adam de Longwy er een grange of landbouwbedrijf op.
In 1694 wordt Conques onder abt Charles de Bentzeradt tot priorij verheven. De monniken van Orval studeren er theologie. In 1715 wordt de eerste steen van de kerk gewijd door Charles-Louis d'Apremont, overste van Conques. Op 10 september 1717 wijdt Étienne Henrion, abt van Orval, de kerk en opent de eredienst. Een jaar later, in 1718, worden de drie altaren gewijd.
In 1795 dwingen de revolutielegers de gemeenschap van Orval om zich met haar archieven en meubilair in Conques terug te trekken. In 1796 worden de cisterciënzermonniken uit Conques verdreven en verspreid. Vijftig jaar later wordt Conques verkocht als nationaal goed. Verschillende eigenaars volgen elkaar op, waaronder Alphonse de Prémorel — letterkundige, gepassioneerd door archeologie en wetenschappen — die zijn tijd en energie wijdt aan het herstel van de oude priorij.
In 1913 vindt de Normandische benedictijnse gemeenschap van Saint-Wandrille met haar religieuzen in ballingschap toevlucht in Conques. In 1924 brengt haar opvolger Dom Pierlait hen terug naar Frankrijk.
In 1942 verwerft de familie De Naeyer het domein en ontwikkelt een viskwekerij (voornamelijk paling en forel) op de Semois en de vijvers van Conques, en exploiteert vervolgens de omliggende weiden en bossen. In 1963 renoveren Florimond en Simone De Naeyer de plek en maken er een luxueus en gastvrij etablissement van. Sinds 2018 heeft het domein een nieuwe eigenaar.
De site is geklasseerd als « Patrimoine majeur de Wallonie » bij Koninklijk Besluit van 24 oktober 1938 en bij Besluit van de Waalse Regering van 7 augustus 1989.