En 668, à la demande de Sigebert, roi d'Austrasie, Saint Remacle, évêque de Maestricht, bâtit un monastère au comté de Chiny, près du village de Cugnon. En 1173, le comte de Chiny et le seigneur de Sainte-Cécile offrent le domaine de Conques aux Cisterciens d'Orval. Peu après, l'abbé Adam de Longwy y établit une grange ou exploitation rurale.
En 1694, sous l'abbé Charles de Bentzeradt, Conques est érigé en prieuré. Les moines d'Orval y étudient la théologie. En 1715, la première pierre de l'église est bénie par Charles-Louis d'Apremont, supérieur de Conques. Le 10 septembre 1717, Étienne Henrion, abbé d'Orval, bénit l'église et inaugure l'office divin. Un an plus tard, en 1718, ont lieu les bénédictions des trois autels.
En 1795, les armées de la Révolution amènent la communauté d'Orval à se retirer à Conques avec ses archives et son mobilier. En 1796, les moines cisterciens sont chassés de Conques et dispersés. Cinquante ans plus tard, Conques est vendu comme bien national. Plusieurs propriétaires se succèdent, dont Alphonse de Prémorel — homme de lettres, passionné d'archéologie et des sciences — qui consacre son temps et son énergie à restaurer l'ancien prieuré.
En 1913, la communauté bénédictine normande de Saint-Wandrille trouve refuge à Conques avec ses religieux en exil. En 1924, son successeur Dom Pierlait les ramène en France.
En 1942, la famille De Naeyer acquiert le site et développe une pisciculture (anguille et truite principalement) sur la Semois et les étangs de Conques, puis exploite les prairies et les forêts environnantes. En 1963, Florimond et Simone De Naeyer rénovent les lieux et en font un établissement luxueux et chaleureux. Depuis 2018, le domaine connaît un nouveau propriétaire.
Le site est classé « Patrimoine majeur de Wallonie » par Arrêté Royal du 24 octobre 1938 et par Arrêté du Gouvernement de la Région wallonne du 7 août 1989.