Im Jahr 668 baut der heilige Remaclus, Bischof von Maastricht, auf Wunsch von Sigebert, König von Austrasien, ein Kloster in der Grafschaft Chiny, nahe dem Dorf Cugnon. 1173 schenken der Graf von Chiny und der Herr von Sainte-Cécile die Domäne Conques den Zisterziensern von Orval. Kurz darauf errichtet Abt Adam de Longwy dort eine Grange oder einen landwirtschaftlichen Betrieb.
1694 wird Conques unter Abt Charles de Bentzeradt zum Priorat erhoben. Die Mönche von Orval studieren dort Theologie. 1715 wird der Grundstein der Kirche von Charles-Louis d'Apremont, Oberer von Conques, gesegnet. Am 10. September 1717 weiht Étienne Henrion, Abt von Orval, die Kirche und eröffnet den Gottesdienst. Ein Jahr später, 1718, werden die drei Altäre geweiht.
1795 zwingen die Revolutionsarmeen die Gemeinschaft von Orval, sich mit ihren Archiven und Möbeln nach Conques zurückzuziehen. 1796 werden die Zisterziensermönche aus Conques vertrieben und zerstreut. Fünfzig Jahre später wird Conques als Nationalgut verkauft. Mehrere Eigentümer folgen, darunter Alphonse de Prémorel — Literat, leidenschaftlicher Archäologe und Wissenschaftler — der seine Zeit und Energie der Restaurierung des ehemaligen Priorats widmet.
1913 findet die normannische Benediktinergemeinschaft von Saint-Wandrille mit ihren im Exil befindlichen Religiösen in Conques Zuflucht. 1924 bringt ihr Nachfolger Dom Pierlait sie nach Frankreich zurück.
1942 erwirbt die Familie De Naeyer das Gelände und entwickelt eine Fischzucht (hauptsächlich Aal und Forelle) auf der Semois und den Teichen von Conques, und nutzt dann die umliegenden Wiesen und Wälder. 1963 renovieren Florimond und Simone De Naeyer den Ort und machen daraus ein luxuriöses und herzliches Etablissement. Seit 2018 hat die Domäne einen neuen Eigentümer.
Die Stätte ist durch Königlichen Erlass vom 24. Oktober 1938 und durch Erlass der Wallonischen Regierung vom 7. August 1989 als « Großes Erbe Walloniens » klassifiziert.